1. 낙동강하구 문화재보호구역의 생태계 훼손
① 명지대교가 지나가는 을숙도 일원은 낙동강하구 일대에서 가장 중요한 지역으로 조류조사에서 개체수는 가장 많고, 종수는 2번째로 많이 기록된 낙동강하구의 핵심지역이다. 그러므로 명지대교 건설은 공사 중 소음공해, 공사폐기물·유류유입·토사유출로 인한 해양생태계 파괴, 퇴적작용으로 인한 해안선의 변형 등으로 을숙도 철새도래지의 직접적 파괴는 물론 낙동강하구 일원에 심각한 생태계 영향을 미칠 것이다.
② 공사 후에도 대기오염과 소음공해 등으로 인해 지속적인 주변 생태계의 교란을 유발하여 낙동강하구 문화재보호구역을 심각하게 훼손하는 결과를 초래할 것이다.
③ 수금류(혹부리오리, 고니류, 기러기류)를 비롯한 도요·물떼새, 두루미류 등 주요 철새들의 국제 이동경로 위협, 단절
④ 서식지 축소 : 을숙도를 단절하는 서식지 분할과 서식지 축소를 가져오게 된다.
⑤ 을숙도의 파괴는 낙동강하구 일원의 최대 조류 서식처를 파괴하므로서 이곳을 찾는 조류의 생존을 위협하게 되며, 특히 한국 최대의 고니류 서식처 상실로 이어져 고니류의 서식에 치명적인 영향을 미치게 될 것이다.
2. 예고된 개발 가속화로 인한 낙동강하구 일원의 파괴
일부 전문가들은 다리는 조류의 서식에 아무런 영향을 미치지 않으며, 다시 나름대로의 균형을 유지하게 될 것이라고 말한다. 그러나 다리의 건설은 단순히 그 자체로 그치는 것이 아니다. 다리 건설은 모든 개발 계획의 원활한 진행을 위한 선행작업으로서, 명지대교는 낙동강하구 일원의 본격적인 개발을 위한 교두보역할을 하게 될 것이다. 부산시가 낙동강하구 일원에서 현재 계획·추진 중인 명지주거단지의 고층화, 신호지방공단과 녹산국가공단, 신항만과 서부산권 개발계획, 여전히 계획이 취소되지 않고 있는 녹산 제2국가공단계획 등은 모두 불가피한 개발이라는 미명하에 한치의 양보도 없이 진행되고 있다. 이러한 상황에서 명지대교 건설을 묵인하는 것은 앞으로의 낙동강하구 일원에서 일어날 개발계획을 허용하는 것과 같은 것이며, 결과적으로 낙동강하구 일원의 회복하기 어려운 심각한 파괴를 조장하게 될 것이다.
3. 해안순환도로의 연결로 인한 인근의 난개발 조장
부산시가 추진하는 해안순환도로는 물류 이동 및 관광을 목적으로 하므로, 대중교통보다는 자동차 중심의 도로이다. 해안순환도로 자체가 연안생태계를 단절시킬 뿐만 아니라 장기적으로도 주변의 난개발이 불가피하게 된다. 이미 낙동강하구의 육지쪽은 자연 해안선을 거의 잃었으며, 명지주거단지를 비롯하여 낙동강하구 매립지역에는 음식점과 모텔들이 난립하고 있다. 명지대교 건설은 명지대교의 건설과정과 존재 자체에 의한 1차적인 을숙도의 파괴에서 그치는 것이 아니라 이후의 개발 사업들과 함께 각종 소비성 난개발을 조장하게 될 것이다.